El 1 de julio del año 2000 nace la Unión Deportiva El Espinar-San Rafael como resultado de la unión de dos clubes de fútbol del municipio: la A.D. Recreativo San Rafael y el Club Deportivo El Espinar.
Antes de ello, el Club Deportivo El Espinar, empezó desde 1995 a trabajar y a crear una estructura de fútbol base como elemento esencial para la promoción educativa y deportiva en el municipio. Por su parte, la A. D. Recreativo San Rafael se convirtió en dominador de las competiciones provinciales, consiguiendo Ligas y Copas, pero nunca pudo ascender a categorías superiores a pesar de los resultados y la predisposición de directivos y jugadores.
Así, a lo largo de esos años, los equipos de ambos clubes cosecharon numerosos éxitos deportivos por separado en las distintas competiciones provinciales, principalmente los aficionados y juveniles. Y poco a poco el fútbol base del municipio empezó a ser reconocido a nivel provincial y a dar sus frutos, nutriendo de jugadores a distintos equipos de la provincia